В 2011 г. планировалось выделить 87 млн литов на финансирование энергоресурсов, затрачено 63 млн литов (на газ планировалось израсходовать 6,5 млн литов, затрачено – 6 млн литов; на тепло планировалось 43 млн литов, затрачено – 27 млн литов; на электроэнергию – планировалось 37 млн литов, затрачено – 29 млн литов, на воду – планировалось 0,37 млн литов, затрачено – 0,15 млн литов).
В 2011 году затраты на энергоресурсы ИАЭС финансировались Игналинской программой Европейского Союза (около 80 процентов) и своими средствами предприятия.
Программы по снятию с эксплуатации первого и второго блока ИАЭС финансируются средствами поддержки ЕС снятия с эксплуатации ИАЭС, средствами Международного фонда поддержки снятия с эксплуатации Игналинской АЭС, Национального фонда снятия с эксплуатации и средствами Игналинской программы.